В конце 1943 года Кернкросс перешёл на работу в СИС. Переход из службы радиоперехвата и дешифрования на работу в аппарат СИС был связан с резким ухудшением зрения. Джон с детства плохо видел левым глазом. Напряжённая работа в Блетчли-парке отрицательно сказалась и на состоянии правого глаза. Резидентура принимала меры, чтобы помочь ему с лечением, однако результаты не обнадёживали. Врачи советовали сменить характер работы.
После перехода в центральный аппарат СИС источника назначили в пятое, а затем в первое управление. В пятом управлении он занимался обслуживанием в контрразведывательном плане СССР и Балкан. Конкретными обязанностями Кернкросса были анализ и изучение перехваченных телеграмм немецкой разведки о её деятельности в СССР и на Балканах, а также всех агентурных материалов по этим регионам, изучение кадрового состава и агентуры немецких резидентур на Балканах, изучение методов работы немецкой разведки. В первом управлении в его обязанности входил анализ политической информации.
Характеризуя новый участок работы Кернкросса, резидент писал в Центр, что источник получает все перехваты немецкой разведки, которые после использования должны им лично сжигаться. Часть этих телеграмм он действительно сжигает (никаких актов не составляется), а остальные передаёт нам. Во время дежурств по отделению один-два раза в неделю источник просматривает бумаги, поступающие в адрес других работников отделения (дипломатические перехваты, выемки из диппочты, еженедельные сводки агентурных материалов, телеграммы резиденту и проч.), и регулярно передаёт нам их содержание.
А ещё Кернкросс сумел достать ключи от сейфа собственного начальника и, когда тот отсутствовал, знакомился с материалами, которые не предназначались для глаз сотрудников. В одно из дежурств Кернкросс обнаружил в шкафу у своего шефа список английской агентуры на Балканах. Он был скопирован и отправлен в Москву.
Большой интерес представила информация в спецсообщении СИС от 28 октября 1944 года. В этом документе речь шла о полученной агентурным путём секретной инструкции Гиммлера о создании на территории Германии и некоторых оккупированных стран подпольной армии на случай оккупации этих территорий союзными войсками.
Подпольная армия, согласно инструкции, должна была состоять из трёх звеньев: разведывательных групп, групп по организации саботажа, групп обеспечения безопасности. Группы разведки должны были комплектоваться из преданных нацистских офицеров, хорошо подготовленных радиоэкспертов, офицеров полевых радиослужб частей СС, из служащих районных администраций и других категорий.
Кандидатам для работы в подпольной армии из числа офицеров СД, СС, полицейских органов, специальных армейских частей предлагалось сменить фамилии и документы. Часть этих людей для зашифровки должны были направить в концлагеря и тюрьмы. В главный штаб подпольной армии, помимо Гиммлера, были включены Борман, Кальтенбруннер и несколько высших офицеров СД и СС.
Кернкросс проработал в СИС до конца войны. Все эти годы его связь с советской разведкой не прерывалась. Продолжилась она и после ухода Джона из СИС, когда он вернулся в министерство финансов, а затем перешёл в министерство снабжения.
За его вклад в борьбу советского народа против фашистских захватчиков Кернкроссу неоднократно объявлялись благодарности руководства внешней разведки. В ответ на это в октябре 1944 года он писал: «Я восхищён, что наши друзья сочли мою помощь заслуживающей внимания, и я горжусь тем, что я кое-что внёс в дело победы, которая привела почти к полному очищению советской земли от захватчиков».
Кернкросс снова смог развернуть активную работу в 1949 году. В казначействе он вроде бы имел доступ к малозначащим финансовым документам. Однако касались они только создаваемой и на первых порах непонятной для СССР организации — НАТО. Но по бюджету — сколько и куда направляется фунтов стерлингов — можно было отследить, на что конкретно тратятся деньги, и сформулировать гипотезы о планах нового альянса.
«Карел» так набил руку в этой секретной бухгалтерии, что работал абсолютно безошибочно. Порой в Москве узнавали о предполагаемом финансовом вливании, к примеру в норвежскую армию, раньше, чем в Осло. Благодаря по-британски скрупулёзным денежным отчётам удалось выяснить, какие огромные инвестиции вкладываются в производство атомного оружия. Перестало быть секретом и расположение атомных объектов.
Кернкросс исчерпывал до дна все ресурсы, до которых добирался с риском и свойственным ему упорством и обстоятельностью. То, что мог пропустить постоянно озарённый новыми идеями Гай Бёрджесс, никогда не ускользало от глубокого внимания Джона Кернкросса.
Как и остальные четверо членов Кембриджской пятёрки — конечно, не зная об их отказе, — Кернкросс отверг установленную ему в 1945 году пожизненную пенсию в тысячу фунтов стерлингов в год, сумму по тем временам солидную. Он мотивировал свой отказ от пенсии достаточной материальной обеспеченностью.
В 1951 году Кернкросс попал под колпак британской контрразведки МИ-5. Всплыла одна деталь. При обыске на квартире переправленного советской разведкой в СССР Гая Бёрджесса были обнаружены некие письма, которые вроде бы содержали секретную информацию. Нашёлся и свидетель, который подтвердил, что почерк напоминает руку Кернкросса. Но Джон сумел доказать, что никакой секретности бумаги не содержали — это всего лишь записки, которыми обменивались госслужащие. Кернкросс «припомнил»: письма написаны аж в 1939 году! Обошлось без ареста, однако с государственной службы его уволили.
После этого Кернкросс залёг на дно. Скандал с Бёрджессом и Маклейном то затихал, то разгорался ярким пламенем, а Кернкросс всё пережидал и не появлялся на людях. Умение затаиться, переждать — важное для разведчика качество, однако связник Юрий Модин отыскал подопечного.
К тому времени в Центре осознали: отношения с Кернкроссом пора прекращать. Навсегда. Ему было решено предоставить некую сумму, которая позволила бы относительно безбедно прожить года полтора-два. На последней встрече «Карел» высказал предположение: о его членстве в компартии знали немногие, значит, выдал кто-то из близких знакомых. Следователям он объяснил своё раннее увлечение марксизмом заблуждениями молодости и юношеским максимализмом. Заверил связника, что никаких видимых ошибок не допускал. С Бёрджессом и Маклейном несколько лет прямых контактов не поддерживал. У контрразведки нет против него ничего конкретного — одни подозрения и домыслы. Он намерен держаться твёрдо.
Разведке оставалось ждать, как будут развиваться события и как выдержит Кернкросс неизбежные допросы. Под угрозу попадал самый ценный из пятёрки — Ким Филби. Если «Карел» оговорится лишь случайно, Филби попадёт в безвыходное положение.
Действительно, вскоре последовали новые допросы. Следователь Уильям Скардон, расколовший нашего ценнейшего «атомного» источника Клауса Фукса, был мастером своего дела. Однако Филби в конце концов так и не арестовали — значит, Кернкросс свою задачу снова выполнил.
После этого Джона видели в Канаде, где, по некоторым данным, он трудился преподавателем. Потом Кернкросс вернулся в Европу, работал в Риме, в международной организации под эгидой ООН. Его личная жизнь складывалась удачно — всегда окружённый очаровательными спутницами, одиночества он не испытывал.